V etape existencie múzea ako súkromnej inštitúcie sa dôraz jej činnosti sústreďoval na výstavnú a editorskú oblasť. Zberateľský program nepatril k hlavným predmetom činnosti, preto bol proces budovania zbierky skôr latentný a pozostával najmä z darov umelcov. Takto múzeum získalo kvalitnú kolekciu diel nielen od významných slovenských, ale aj zahraničných umelcov: Gérarda Rancinana, Jiřího Načeradského, Bahrama Hajou atď.
Zmenou statusu múzea sa mení aj štruktúra jeho obsahového zamerania. Z toho vyplýva aj intenzívnejší dôraz na budovanie vlastného zbierkového fondu umeleckých diel najmä slovenského výtvarného umenia obdobia druhej polovice dvadsiateho storočia, s prepojením na súčasné dianie. Formy získavania diel do zbierky múzea stavajú na diverzifikácii možností od priamych nákupov, cez podporné kultúrne programy, sponzorské a mecenášske formy, ako aj dary od umelcov a iných subjektov. Múzeum tak získalo diela od Ayako Rokkaku, Ľuba Mikleho, Viktora Freša atď.
