Zbierka zakladateľa Danubiany Gerarda Meulensteena vznikala od založenia múzea v dvoch paralelných líniách: vlastná zbierka Meulensteen a zbierka Danubiana Meulensteen Art Museum. Nový status múzea vo vzťahu k zbierke Meulensteen je založený na možnostiach dlhodobých pôžičiek na výstavné a expozičné účely múzea.
Zberateľ Gerard Meulensteen vytvára zbierku od polovice osemdesiatych rokov. Je to zbierka budovaná na osobných kontaktoch a priateľstvách s umelcami, na hlbokom emocionálnom vzťahu k umeniu, ktorý mal najprv osobnostný, privátny charakter. Meulensteenov prístup sa začal meniť a objektivizovať, keď vznikla myšlienka založenia múzea a keď dostala reálnu podobu v Danubiane. Zberateľove záľuby a predstavy sa transformovali do inštitucionalizovanej podoby. Predstavy o tom, ako by sa malo so zbierkou ďalej pracovať, ako ju verejnoprospešne zhodnotiť, dostali jasný zámer: diela musia vyjsť z úkrytu depozitárov do výstavných sál múzea, musia byť prístupné verejnosti, aby sa naplnilo ich poslanie. Pritom jeho prvotnou motiváciou neboli umeleckohistorické kritériá, ani štýlové aspekty, ale podpora dobrého umenia a možnosť cez umenie odovzdávať potešenie a radosť i druhým. Hlavným zámerom zberateľa, ktorý postupne napĺňa, je, aby zbierka slúžila verejnosti.
Zbierka dnes obsahuje niekoľko stovák diel, malieb, plastík i grafiky. Jej charakter je čo do zastúpených umelcov širokospektrálny, orientovaný na moderné a súčasné umenie. Štruktúru tvoria tri oddelenia: medzinárodná zbierka, zbierka holandského umenia a zbierka slovenského umenia. Primárnym cieľom nebolo zastúpiť všetky výtvarné štýly a prúdy, ale orientovať sa na mimoriadne a nespochybniteľné umelecké zjavy. Výberovo sú v zbierke zastúpení vynikajúci umelci povojnovej abstrakcie, informelu, popartu i novej expresie.
Dôraz na významné umelecké osobnosti dáva pri spoločnej prezentácii možnosť vyniknúť ich kvalite, jedinečnosti a individuálnemu prínosu. Ak sa ocitnú diela takýchto umelcov vedľa seba, nevyhnutne medzi nimi nastáva druh komunikácie. Nie je to dialóg v rámci jedného časového obdobia, alebo výtvarného štýlu, ale rôzne dialógy medzi vynikajúcimi a svojskými umeleckými osobnosťami. Vyniknú maliarske aspekty, ktoré sú odrazom bohatstva použitých výtvarných prostriedkov, farieb, línií, foriem, rôznorodosti ich výrazov od silnej expresie po lyrizujúce tóny, od civilistických po sociálne aspekty.
Medzinárodná zbierka má reprezentatívne zastúpenie, obsahuje diela napr. Paula Jenkinsa, Takašiho Murakamiho, Christa a Jeanne-Claude, Claesa Oldenburga, Pierra Alechinskeho, Walasseho Tinga, Jill Moserovej, Sama Francisa, Betty Woodmanovej, Armana, Jima Dinea, Magdaleny Abakanowiczovej, Niki de Saint Phalle, Kira Urdina, Marcusa Prachenskeho, Güntera Damischa, Mikea Clouda, Roberta Combasa ai.
Holandská zbierka obsahuje to najlepšie z holandskej povojnovej moderny, a to umelcov zo slávnej skupiny Cobra a jej okruhu. Dominuje v nej tvorba Karla Appela, Corneilla a Constanta, ďalej Luceberta, Keesa van Bohemen, Gerarda Grassera, Jana Sierhuisa, Gera Latastera, Ada Snijdersa a i.
Dôležitý proces postupnej premeny štruktúry zbierky nastal v priebehu deväťdesiatych rokov, keď sa Gerard Meulensteen zoznámil so slovenským umením. Svoju zbierku intenzívne rozširuje o tvorbu významných osobnosti slovenského umenia druhej polovice dvadsiateho storočia, pričom kladie veľký dôraz na súčasné umenie. Zvláštnu pozornosť venuje aj podpore mladého umenia nielen získavaním diel mladých tvorcov do svojej zbierky, ale napr. aj udeľovaním Meulensteenovej ceny pre mladého výtvarníka.
Generačné rozvrstvenie slovenskej časti zbierky je značne široké. Sú v nej zastúpení významní predstavitelia najstaršej generácie, ako Vincent Hložník, Tibor Bártfay, Erna Masarovičová či Viera Kraicová, ktorí patria k pilierom povojnového slovenského umenia. Rozhodujúcu úlohu v nadviazaní na spretrhané tradície európskej i domácej moderny mala koncom päťdesiatych a začiatkom šesťdesiatych rokov Skupina Mikuláša Galandu a hnutie Konfrontácie, z ktorých sú v zbierke diela od Vladimíra Kompánka, Milana Paštéku, Rudolfa Filu, Jozefa Jankoviča, ďalej od Miroslava Cipára, Vladimíra Popoviča i Ruda Sikoru. Početne najrozsiahlejšie je zastúpená stredná generácia, ktorej predstavitelia rozvíjajú najmä rôzne podoby novej expresívnosti, abstrakcie i figurácie, napr. maliari Peter Pollág, Ján Kelemen, Svetozár Ilavský, Vojtech Kolenčík, Ivan Pavle, Ján Hlavatý, Daniel Bidelnica, Robert Hromec a sochári Oto Bachorík, Milan Lukáč, Viťo Bojňanský a i. Významná je i zbierka grafiky, kde dominujú diela Vladimíra Gažoviča.
Časť zbierky diel mladej generácie je výtvarne diferencovaná. Sú v nej zastúpení veľmi výrazní a už dnes úspešní autori so špecifickým autorským umeleckým prínosom, napr. Marek Ormandík, Erik Binder, Viktor Frešo, Juraj Kollár, Marcel Mališ, Dan Meluzin, Štefan Papčo, Dorota Sadovská či Ondrej Zimka ml.
