Predstavou, ktorá podnietila vznik Danubiany, bolo vytvoriť v Bratislave moderný otvorený priestor pre súčasné umenie, ktorý by prispel k novému formovaniu vzťahov medzi donedávna izolovanými kultúrami tzv. Východu a Západu a ktorý by zodpovedal aj náročným medzinárodným kritériám. Prvoradým prostriedkom na realizáciu takéhoto cieľa je zodpovedná dramaturgia výstavnej činnosti, ktorá umožní realizáciu projektov nadnárodného významu. Práve organizovanie rôznych druhov výstavných projektov je jednou z hlavných priorít múzea, ktoré umožňuje realizovať na Slovensku významné prezentácie zahraničných výstav nielen v rozsahu, ale hlavne v kvalite, aké tu doteraz nemali obdobu. Múzeum si buduje kontakty a spolupracuje so zahraničnými inštitúciami, najmä s Meulensteen Art Centrom v Holandsku, vďaka čomu sa uskutočnili mnohé unikátne projekty.
Počas svojej doterajšej existencie Danubiana pripravila vyše osemdesiat výstavných podujatí, z nich časť pripravila v spolupráci so zahraničnými inštitúciami a časť vypracovala ako vlastné projekty. Štruktúra výstavných projektov má tri základné problémové okruhy. Dominujú monografické výstavy, vďaka ktorým sa na Slovensko prvý raz dostali mimoriadne osobnosti svetovej výtvarnej scény. Medzi špičkové prezentácie patrili výstavy umelcov svetového významu, napr. diela poľskej sochárky Magdaleny Abakanoviczovej, holandských umelcov, členov experimentálnej skupiny Cobra Karla Appela a Luceberta, mimoriadnych osobností informelu Zoltana Kemenyho a Markusa Prachenskeho, i sochára Karla Prantla alebo francúzskeho postmodernistu Roberta Combasa. Vďaka úzkym kontaktom zakladateľa múzea Gerarda Meulensteena so Španielskom sa uskutočnilo niekoľko výstav španielskych umelcov, ktorí patria k avantgarde španielskeho povojnového umenia, viacerí z okruhu vedúcej osobnosti informelu Antoniho Tapiesa. Patria k nim najmä Josep Guinovart, Martín Quirino, Miguel Ybaňez, Ráfols Casamada a Antoni Clavé. Fotografia si našla svoj priestor v Danubiane prezentáciou amerického fotografa Sydneyho J. Glucka, ktorý interpretoval niekoľkotisícovú terakotovú čínsku armádu na spoločnej výstave s maľbami Petra Pollága, ako aj výstavou francúzskeho fotografa Rancinana. Osobitnú pozornosť si zaslúži retrospektíva mimoriadnej osobnosti americkej povojnovej abstrakcie Sama Francisa, ktorou doterajšia výstavná činnosť Danubiany vyvrcholila.
Program múzea vychádza z myšlienky, že umenie je bezbariérový komunikačný prostriedok, ktorým možno jedinečným spôsobom oboznamovať svet so slovenskou kultúrou. Preto patrí významné miesto vedľa zahraničných výstav aj domácim umelcom. Prezentácia ich tvorby je dôležitou súčasťou základných cieľov múzea. Niektorých z vystavujúcich umelcov viaže k múzeu užšia spolupráca, napr. Petra Pollága a Milana Lukáča, ktorí stáli pri jeho zrode. V rámci monografických výstav mali diváci možnosť zoznámiť sa s tvorbou viacerých umelcov, ktorých tvorba patrí k povojnovej výtvarnej moderne a určovala charakter vývinu slovenského umenia v tomto období. Boli to predovšetkým výstavy nestora slovenskej grafiky a maliara Vincenta Hložníka, kľúčových osobností slovenského sochárstva Rudolfa Uhra, Vladimíra Kompánka a Jozefa Jankoviča, excelentného maliara Milana Paštéku, Miroslava Cipára, Vladimíra Popoviča i konceptualistu Ruda Sikoru. Z nasledujúcich umeleckých generácií spomeňme sochára Ota Bachoríka, maliarov Ivana Pavleho, Jána Kelemena, Svetozára Ilavského, Mareka Ormandíka a ďalších. Rozsah autorských výtvarných programov nesleduje celý horizont novšieho slovenského výtvarného umenia, ale je orientovaný v duchu základného programu múzea, na rozpätie medzi expresívnou figuráciou a abstrakciou.
Ďalšou, v poslednom období stále dôležitejšou výstavnou aktivitou sú širšie koncipované projekty. Ich zámerom je sprostredkovať vývinovú kontinuitu umenia konkrétnej krajiny z daného umeleckohistorického obdobia alebo z hľadiska určitého výtvarného problému. Už prvý projekt otvárajúci výstavnú činnosť, Holandskí maliari 1950 – 2000, bol kultúrnou udalosťou. Nielenže poskytol pohľad na celkové dianie v holandskom umení za uvedené obdobie, ale prvý raz boli na Slovensku prezentované diela umelcov významného experimentálneho európskeho hnutia Cobra – Karla Appela, Constanta, Corneilla, Eugena Brandsa. Zaujali aj kolektívne projekty, napr. veľmi kvalitná zbierka Prvej slovenskej investičnej skupiny, ktorá môže byť inšpiratívnym podnetom pre súkromných zberateľov, Laureáti ceny Martina Benku – významní slovenskí umelci vyznamenaní cenou pomenovanou po zakladateľovi moderného slovenského umenia, alebo Pocta Karlovi Appelovi – prezentácia grafických diel určených do albumu, ktorý venovali slovenskí umelci tomuto významnému európskemu maliarovi.
Hlavným radom problémových výstav sa stala perspektívna koncepcia prezentácie expresívnych tendencií umenia posledných desaťročí, spočiatku zameraná na stredoeurópske krajiny. Je to jeden z účinných spôsobov, ktorými Danubiana podnecuje kultúrne vzťahy so susednými krajinami aktívnou formou úzkej spolupráce s galériami a umeleckými kritikmi pri odbornej príprave a organizovaní týchto výstav. Pilotným projektom bola výstava Rakúskeho umenia (Expresívne tendencie v rakúskom umení od roku 1960), nasledovali Expresívne tendencie v maďarskom súčasnom umení 1980 – 2007 a Súčasné ruské umenie zo zbierok Múzea súčasného umenia ART4.ru a pARTner project Gallery od roku 1980 po súčasnosť. Zatiaľ poslednou bola výstava súčasného českého umenia 20 rokov po... usporiadaná pri výročí Nežnej revolúcie. Špeciálnym projektom bola výstava slovenského a maďarského súčasného umenia Umenie tolerancie, ktorá stelesňovala myšlienku otvorenej komunikácie. Na všetkých výstavách boli zastúpené mnohé osobnosti, ktorých význam prekročil domáci horizont a stali sa kultúrnou udalosťou.